17 мая 1667 года является отправной исторической датой учреждения в Курском крае Белгородской кафедры Русской Православной Церкви. В 1682 году на Московском Соборе решался вопрос об открытии Курской епархии, но такое учреждение не состоялось. По данным Патриаршего приказа, в то время в Белгородской епархии было 532 церкви и более 20 монастырей.
Большую память о себе оставил архиепископ Досифей (Богданович-Любимский). Он повел решительную борьбу с расколом, особенно ревностно соблюдалось церковное благочиние. Известны его труды по искоренению языческих обрядов, которые особенно проявлялись при совершении браков. 11 января 1736 года кафедру занял архиепископ Петр (Смелич), свое служение он начал с того, что учредил духовные училища в Курске и Старом Осколе.
2 июля 1748 года Белгородскую епархию возглавил великий подвижник веры Преосвященный Иоасаф (Горленко). Неутомимый архипастырь своей напряженной деятельностью старался поднять авторитет Церкви и воспитать служителей её образованными и сильными духом. В 1752 году, будучи в Курске, он освятил закладку Сергиево-Казанского собора. Строил храм Исидор Машнин, отец будущего преподобного Серафима Саровского.
С Иоасафа Белгородского старался брать пример служения Богу и православного просвещения епископ Порфирий (Крайский). После его кончины на деньги епископа по его завещанию были устроены две богадельни для престарелых, увечных и бедных. Их существование поддерживалось процентами с долгое время существовавшего капитала епископа Порфирия.
Указ императрицы Екатерины II 1764 года о закрытии 4/5 всех русских монастырей поставил епархию в чрезвычайно трудное положение, она попала в III разряд. Упразднены были два монастыря, многие изменили свой статус и стали заштатными.
23 мая 1779 года по указу Сената было учреждено наместничество. В 1787 году в уездном в то время Белгороде была открыта духовная семинария. Этот год был богат событиями: через епархию проезжала императрица, возвращаясь из Новороссии. Она посетила Белгород, Обоянь, Курск. 13 июня присутствовала на молебне в Знаменском монастыре. Курск и в особенности курские храмы понравились Екатерине II. В том же году епархия была переименована из Белгородско-Обоянской в Белгородско-Курскую. Дмитриевский, Льговский, Путивльский и Рыльский уезды с двумя монастырями Путивльским и Рыльским и двумя пустынями Глинскою и Софрониевой, до этого находившиеся в ведении Севской епархии, были переданы в ведение Белгородского епископа.
В 1797 году в Курской губернии было учреждено 10 уездов. Количество храмов к тому времени достигало 875. 17 октября 1799 года произошли новые перемены границ епархии: Слободская Украина составила Харьковскую епархию. Курск стал центром епархии, Преосвященные архипастыри стали именоваться Курскими и Белгородскими.
С 15 марта 1787 года при епископе Феоктисте (Мочульском) епархия стала называться Белгородско-Курской. Заботами владыки Феоктиста благоустраивались многие школы и училища в Курске, ст. Осколе, Путивле, Обояни, Рыльске. Особое внимание он проявлял к Курской духовной семинарии. Преосвященный Феоктист первым из курских архипастырей был удостоен высоких государственных наград - орденов Св. Анны I ст. и Св. Александра Невского.
В 1816 году как памятник победы в Отечественной войне 1812 года в Курске был заложен Знаменский собор. Строительство собора в Курске продолжалось 10 лет. Храм в виде креста увенчивал сферический купол. От основания до вершины купола высота собора 48 метров. Внутреннее пространство храма все залито светом, проникающим через высокие и широкие окна купола. 13 января 1826 года он был освящен и уже через три дня принял гроб с телом почившего императора Александра I, скончавшегося в Таганроге.
В 1833 году Преосвященный Илиодор, епископ Курский и Белгородский, перевел кафедру в Курск. Сергиево-Казанский собор стал кафедральным. Одновременно переехала в Курск и духовная консистория.
В 1864 году по распоряжению директора учебных заведений Д.Г.Жаворонкова во всех учебных заведениях края был введен Закон Божий. Преподавали его лучшие священники епархии.
В 1871 году, с 1 января, начался выпуск "Курских епархиальных ведомостей". Этот период в губернии отличало также усиление благотворительности и просвещения. Открылись Курский духовный приют, женские училища в Троицком монастыре Курска и в Белгородском женском монастыре, Александровские приюты - мальчиков в Знаменском монастыре, девочек в Епархиальном училище. В 1892 году была открыта церковно-приходская школа для беднейших жителей Курска. Учредило её Курское братство преподобного Феодосия Печерского. В 1899 году епископ Иустин (Охотин) утвердил также Курское православное Палестинское общество. Первых учеников приняла воскресная женская школа. На границе века впервые стали работать постоянные курсы для учителей церковно-приходских школ.
В 1888 году были проведены "с подобающей сему случаю" торжества в честь 900-летия Крещения Руси.
В начале XX века в Курской губернии по вероисповеданию, согласно переписи населения, Православие исповедовало 98,7% населения. Важное значение имела работа различных православных обществ и братств. 27 февраля 1900 года был учрежден Курский комитет православного Миссионерского общества. В открытой в 1903 году Курской губернской ученой архивной комиссии принимали участие преподаватели Курской духовной семинарии.
С 25 февраля 1905 года епархия стала называться Курско-Обоянской.
Семнадцать первых лет XX века насыщены яркими событиями в жизни епархии. В этот период церковь и паства обрели мощи двух подвижников духа: преподобного Серафима Саровского (19 июля 1903 года) и святителя Иоасафа Белгородского (4 сентября 1911 года). На торжества в Белгород прибыли Великий князь Константин Константинович и Великая княгиня Елизавета Федоровна. В честь обретения мощей Святителя Иоасафа по всей губернии прошли крестные ходы, а 17 декабря 1911 года мощам святителя Иоасафа поклонялась императорская семья - император Николай II и императрица Александра Федоровна с детьми.
В 1912-1913 годах открылось Курское церковное археологическое общество, учреждено Иоасафское общество трезвости, организованы регентские курсы. 10 ноября 1915 года открылось Курское попечительство о беженцах, которое приложило немало сил и вложило средств для оказания помощи православным, эвакуированным из западных районов Российской империи. В 1916 году в Курске прошли торжества, посвященные 100-летию со дня рождения митрополита Макария (Булгакова). Выпускник Курской духовной семинарии, с 1850 по 1857 год он был ректором Санкт-Петербургской Духовной Академии, а в конце жизни возглавлял Московскую митрополию.
До революции в курской губернии проживало около 10 000 священников и монахов. К 1937 году их осталось 1 700 человек. Было 1 700 храмов, после 1937 года уцелело лишь 476. С августа по сентябрь 1937 года в Курске было расстреляно 146 священнослужителей.
Революция предрешила судьбу иноков и их обителей. Летом-осенью 1923 года распоряжением советской власти почти повсеместно монастыри были закрыты.
Перед Великой Отечественной войной в Курской и Обоянской епархии существовало всего три прихода. С началом войны началось возрождение епархии. В 1942-43 гг. Курской епархией управлял епископ Панкратий (Гладков) с титулом Белгородский и Грайворонский. В 1943 году после оккупации на кафедру был назначен епископ Питирим (Свиридов) с титулом Курский и Белгородский.
К 1945 году действовало 318 церквей и молитвенных домов, из них храмов – 249 и 69 молитвенных домов. В самом Курске - 11 приходов. Существовал только один монастырь – женский Троицкий в г. Курске.
В различные годы ее возглавляли архиепископ Алексий (Сергеев) (1947-48гг), епископ Нестор (Сидорук) (1948-1951), архиепископ Иннокентий (Зельницкий) (1951 - 1958), епископ Роман (Танг) (1958 - 1959), епископ Леонид (Поляков) (1959 - 1962), архиепископ Серафим (Никитин) (1962 - 1971), епископ Николай (Бычковский) (1971 - 1974), архиепископ Хризостом (Мартишкин) (1974 - 1984), митрополит Ювеналий (Тарасов) (1984 - 2004).
В 1991 году открыта Курская духовная семинария, а в 1994 году православная гимназия во имя преподобного Феодосия Печерского.
С февраля 1993 года епархия носит название Курская.
С 17 августа 2004 года епархию возглавляет архиепископ Курский и Рыльский Герман (Моралин). Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 62) он назначен главой новообразованной Курской митрополии и временным управляющим Щигровской епархией и 1 августа 2012 г. возведен в сан митрополита.
Имея богатую историю просветительской деятельности, в настоящее время Курская епархия активно занимается миссионерской, социальной и духовно-просветительской деятельностью.